- koliko puta uzastopce može član Znanstvenog vijeća i znanstvenih odbora sudjelovati u radu Znanstvenog vijeća ili znanstvenih odbora;
- broj članova u svakom znanstvenom odboru;
- način na koji se zadaci i zahtjevi za dobivanje znanstvenih mišljenja dodjeljuju Znanstvenom vijeću i znanstvenim odborima;
- formiranje i organiziranje radnih grupa Znanstvenog vijeća i znanstvenih odbora, te mogućnost uključivanja vanjskih stručnjaka u te radne grupe;
- mogućnost pozivanja promatrača na sastanke Znanstvenog vijeća i znanstvenih odbora;
- mogućnost organiziranja javnih rasprava.

2. Znanstveno vijeće sastavljeno je od predsjednika znanstvenih odbora i pet nezavisnih znanstvenika koji ne pripadaju niti jednom od znanstvenih odbora.

3. U Agenciji se osnivaju slijedeći znanstveni odbori:

- Odbor za prehrambene aditive, arome, pomoćne tvari u procesu proizvodnje i predmeta koji dolaze u neposredan dodir s hranom;
- Odbor za dodatke i proizvode ili tvari koje se koriste u proizvodnji hrane za životinje;
- Odbor za biljno zdravstvo, proizvode za zaštitu bilja i njihove ostatke (rezidue);
- Odbor za novu hranu i hranu za životinje koja sadrži genetski modificirane organizme;
- Odbor za prehranu, alergije i hranu za posebne prehrambene potrebe;
- Odbor za biološke, kemijske i fizikalne opasnosti;
- Odbor za zdravstvenu ispravnost hrane;
- Odbor za zdravlje i dobrobit životinja.

4. Znanstveni odbori sastavljeni su od nezavisnih znanstvenika iz slijedećih područja:

- prirodnih znanosti ( polje: biologija);
- biomedicine i zdravstva (polje: javno zdravstvo i zdravstvena zaštita, temeljne medicinske znanosti, veterinarska medicina);
- biotehničkih znanosti (polje:prehrambena tehnologija, biotehnologija, agronomija); te
- drugih znanstvenika iz drugih relevantnih područja.

5. Znanstveni odbor može imati najviše sedam članova.

6. Broj znanstvenih odbora i njihovi nazivi mogu se mijenjati odlukom Upravnog vijeća obzirom na tehnički i znanstveni razvitak.

7. Kada predmet o kojem bi Znanstveno vijeće trebalo dati mišljenje nije u nadležnosti niti jednog od znanstvenih odbora, Znanstveno vijeće u tu svrhu imenuje ad hoc radnu grupu.

8. Članove Znanstvenog vijeća koji nisu članovi znanstvenih odbora i članove znanstvenih odbora bira Upravno vijeće na prijedlog Ravnatelja.

9. Mandat članova Znanstvenog vijeća i znanstvenih odbora je tri godine i može se obnavljati.

10. Znanstveno vijeće i znanstveni odbori izabiru među svojim članovima predsjednika i zamjenika predsjednika.

13. Znanstveno vijeće daje znanstvena mišljenja:

- na zahtjev Upravnog vijeća, u vezi s bilo kojim predmetom unutar njegove nadležnosti, te u svim slučajevima za koje nacionalno zakonodavstvo predviđa da se konzultira Znanstveno vijeće;
- na vlastitu inicijativu, o predmetima u okviru svoje nadležnosti.
- Zahtjevi navedeni u stavku 1. podstavku 1. ovoga članka moraju biti popraćeni sa svim potrebnim informacijama koje objašnjavaju o kojem znanstvenom pitanju se radi.

14. Znanstveno vijeće daje znanstveno mišljenje u roku koji je naveden u zahtjevu za dobivanje mišljenja, osim u slučaju kada objektivne okolnosti to onemogućavaju.

15. U slučaju kada je više različitih zahtjeva predano u vezi s istim pitanjem, ili kada zahtjev nije u skladu sa stavkom 2. ovog članka, ili je nejasan, ili kada je Znanstveno vijeće već dalo mišljenje o nekom određenom pitanju te je zaključilo da nema novih informacija koje bi trebalo razmatrati, ono može ili odbiti zahtjev ili predložiti da ga se izmijeni i dopuni u dogovoru s Ravnateljem. Odbijanje mora biti obrazloženo Upravnom vijeću.

16. Znanstveno vijeće nastoji u ranoj fazi utvrditi mogući izvor razilaženja između svojih znanstvenih mišljenja i znanstvenih mišljenja koja daju druga tijela, koja rade na sličnim zadacima u Republici Hrvatskoj ili u drugoj zemlji.

17. U slučaju iz stavka 1. ovoga članka Znanstveno vijeće kontaktira navedeno tijelo, kako bi osiguralo razmjenu svih važnih znanstvenih informacija i identificiralo potencijalno sporna znanstvena pitanja.